Las variantes que desaparecen: lecciones de Gamma, Iota y Mu


A principios de 2021, científicos en Colombia descubrieron una nueva variante de coronavirus preocupante. Esta variante, eventualmente conocida como Mu, tenía varias mutaciones preocupantes que los expertos creían que podrían ayudarlo a evadir las defensas del sistema inmunológico.

En los meses siguientes, Mu se propagó rápidamente en Colombia, alimentando una nueva oleada de casos de Covid-19. A fines de agosto, se había detectado en decenas de países, y la Organización Mundial de la Salud lo había designado una “variante de interés”.

«Mu estaba empezando a hacer algo de ruido a nivel mundial», dijo Joseph Fauver, epidemiólogo genómico del Centro Médico de la Universidad de Nebraska y autor de un estudio reciente sobre la variante.

Y luego se esfumó. Hoy, la variante casi ha desaparecido.

Por cada Delta u Omicron hay una Gamma, Iota o Mu, variantes que impulsaron oleadas locales pero nunca alcanzaron el dominio global. Y aunque comprender Omicron sigue siendo una prioridad crítica de salud pública, hay lecciones que aprender de estos linajes menores, dicen los expertos.

“Este virus no tiene ningún incentivo para dejar de adaptarse y evolucionar”, dijo Joel Wertheim, epidemiólogo molecular de la Universidad de California en San Diego. “Y ver cómo lo hizo en el pasado nos ayudará a prepararnos para lo que podría hacer en el futuro”.

Los estudios de los también-rans han arrojado luz sobre las brechas de vigilancia y los errores de política, brindando más evidencia de que las prohibiciones de viajes internacionales de Estados Unidos no fueron efectivas, y sobre lo que hace que el virus tenga éxito, lo que sugiere que en la fase inicial de la pandemia, la transmisibilidad era más importante. que la evasión inmune.

La investigación también destaca cuánto importa el contexto; las variantes que causan impacto en algunos lugares nunca se afianzan en otros. Como resultado, es difícil predecir qué variantes se convertirán en dominantes, y mantenerse al tanto de futuras variantes y patógenos requerirá una vigilancia integral, casi en tiempo real.

“Podemos ganar mucho observando la secuencia genómica viral y diciendo: ‘Este es probablemente peor que otro’”, dijo el Dr. Wertheim. “Pero la única forma de saberlo realmente es ver cómo se propaga, porque hay muchas variantes potencialmente peligrosas que nunca se consolidaron”.

El coronavirus cambia constantemente y la mayoría de las nuevas variantes nunca se notan ni se nombran. Pero otros dan la alarma, ya sea porque rápidamente se vuelven más comunes o porque sus genomas parecen siniestros.

Ambos eran ciertos de Mu a medida que se extendía en Colombia. “Contenía un par de mutaciones que la gente había estado observando muy de cerca”, dijo Mary Petrone, epidemióloga genómica de la Universidad de Sydney y autora del nuevo artículo de Mu. Varias de las mutaciones en su proteína espiga se habían documentado en otras variantes inmunes evasivas, incluidas Beta y Gamma.

En el nuevo estudio, que aún no se ha publicado en una revista científica, los científicos compararon las características biológicas de Mu con las de Alfa, Beta, Delta, Gamma y el virus original. Descubrieron que Mu no se replicaba más rápido que cualquier otra variante, pero era la más inmunoevasiva del grupo, más resistente a los anticuerpos que cualquier variante conocida además de Omicron, dijo el Dr. Fauver.

Al analizar las secuencias genómicas de muestras de Mu recolectadas en todo el mundo, los investigadores reconstruyeron la propagación de la variante. Llegaron a la conclusión de que Mu probablemente había surgido en América del Sur a mediados de 2020. Luego circuló durante meses antes de ser detectado.

La vigilancia genómica en muchas partes de América del Sur fue «irregular e incompleta», dijo Jesse Bloom, experto en evolución viral del Centro de Investigación del Cáncer Fred Hutchinson en Seattle. «Si hubiera habido una mejor vigilancia en esas regiones, posiblemente hubiera sido más fácil hacer una evaluación más rápida de cuán preocupado estaba por Mu».

Mu también presentó otro desafío. Resultó que tenía un tipo de mutación, conocida como mutación de cambio de marco, que era rara en las muestras de coronavirus. Estas mutaciones se marcaron como errores cuando los científicos, incluido el Dr. Fauver, intentaron cargar sus secuencias Mu en GISAIDun repositorio internacional de genomas virales que se utiliza para controlar nuevas variantes.

Esa complicación creó retrasos en el intercambio público de secuencias de Mu. El tiempo que transcurrió entre el momento en que se recolectó una muestra de virus de un paciente y el momento en que se puso a disposición del público en GISAID fue consistentemente más largo para los casos de Mu que para los casos de Delta, encontraron los investigadores.

“El genoma en sí estaba básicamente creando brechas de vigilancia artificiales”, dijo el Dr. Fauver. “Resultó, al menos en nuestra experiencia, que no pudimos obtener datos durante semanas cuando normalmente intentamos obtenerlos en días”.

(Los sistemas de control de calidad de GISAID son importantes, enfatizaron los investigadores, y el repositorio solucionó el problema).

Combine estos vacíos de vigilancia con la evasión inmune de Mu y la variante parecía estar lista para despegar. Pero eso no fue lo que paso. En cambio, Mu irradió desde América del Sur y Central a otros continentes, pero no circuló ampliamente una vez que llegó allí, encontraron los científicos. “Esa fue una indicación de que esta variante no encajaba necesariamente en las poblaciones de América del Norte y Europa tal como esperábamos”, dijo el Dr. Petrone.

Eso probablemente se debió a que Mu se encontró compitiendo con una variante aún más formidable: Delta. Delta no era tan hábil para esquivar anticuerpos como Mu, pero era más transmisible. “Entonces, al final, Delta se extendió más ampliamente”, dijo el Dr. Bloom.

Estudiar variantes exitosas solo cuenta la mitad de la historia. “Las variantes que no se vuelven dominantes son, en cierto modo, controles negativos”, dijo el Dr. Petrone. “Nos dicen lo que no funcionó y, al hacerlo, ayudan a llenar los vacíos de conocimiento sobre la aptitud de las variantes”.

Delta superó varias variantes inmunoevasivas además de Mu, incluidas Beta, Gamma y Lambda. Este patrón sugiere que la evasión inmune por sí sola no fue suficiente para permitir que una variante superara a una versión altamente transmisible del virus, o al menos no lo fue durante la fase inicial de la pandemia, cuando pocas personas tenían inmunidad.

Pero las vacunas y las múltiples oleadas de infecciones han cambiado el panorama inmunitario. Una variante altamente inmune-evasiva ahora debería tener más ventaja, dijeron los científicos, lo que probablemente sea parte de la razón por la que Omicron ha tenido tanto éxito.

Otro estudio reciente sugirió que en la ciudad de Nueva York, el sistema inmune-evasivo Gamma tendía a hacerlo mejor en barrios con mayores niveles de inmunidad preexistente, en algunos casos porque fueron duramente golpeados en la primera ola de Covid. “No podemos ver una nueva variante en el vacío, porque aparece a la sombra de todas las variantes anteriores”, dijo el Dr. Wertheim, autor del estudio.

De hecho, el choque de variantes pasadas revela que el éxito depende en gran medida del contexto. Por ejemplo, la ciudad de Nueva York puede haber sido el lugar de nacimiento de la variante Iota, que fue detectado por primera vez en muestras de virus recolectadas en noviembre de 2020. “Y así se afianzó desde el principio”, dijo el Dr. Petrone. Incluso después de que llegara la variante Alpha más transmisible, Iota siguió siendo la variante dominante de la ciudad durante meses, antes de desaparecer finalmente.

Pero en Connecticut, donde Iota y Alpha aparecieron en enero de 2021, las cosas se desarrollaron de manera diferente. “Alpha simplemente despegó de inmediato e Iota no tuvo ninguna posibilidad”, dijo el Dr. Petrone, quien dirigió un estudio de las variantes en las dos regiones.

Un patrón similar ya está comenzando a desarrollarse con los múltiples linajes de Omicron. En los Estados Unidos, BA.2.12.1, una subvariante identificada por primera vez en Nueva York, ha despegadomientras que en Sudáfrica, BA.4 y BA.5 están impulsando una nueva oleada.

Esa es otra razón para estudiar variantes que disminuyeron, dijo Sarah Otto, bióloga evolutiva de la Universidad de Columbia Británica. Una variante que no coincidía bien en un momento y lugar determinado podía despegar en otro. De hecho, la desgracia de Mu podría haber sido simplemente que surgió demasiado pronto. “Es posible que no haya suficientes personas que tuvieran inmunidad para realmente impulsar esa variante”, dijo el Dr. Otto.

Pero la siguiente variante de preocupación podría ser un descendiente de, o algo similar, un linaje inmune-evasivo que nunca se arraigó del todo, dijo.

Mirar hacia atrás en las variantes anteriores también puede proporcionar una idea de lo que funcionó, o no, para contenerlas. El nuevo estudio Gamma proporciona más pruebas de que prohibiciones de viajes internacionalesal menos tal como los implementó Estados Unidos, es poco probable que impidan la propagación global de una variante.

Gamma se identificó por primera vez en Brasil a finales de 2020. En mayo de ese año, Estados Unidos prohibió a la mayoría de los ciudadanos no estadounidenses viajar al país desde Brasil, una restricción que se mantuvo hasta noviembre de 2021. Sin embargo, Gamma se detectó en los Estados Unidos en enero de 2021 y pronto se extendió a docenas de estados.

Debido a que Gamma nunca llegó a dominar en todo el mundo, el estudio de su propagación proporcionó una imagen «más limpia» de la efectividad de las prohibiciones de viaje. dijo Tetyana Vasylyeva, epidemióloga molecular de la Universidad de California en San Diego y autora del estudio. “Cuando se trata de estudiar variantes como, digamos, Delta, algo que ha causado un gran brote en todos los lugares, a veces es realmente difícil encontrar patrones, porque sucede a gran escala y muy rápido”, dijo. .

En una emergencia de salud mundial en curso, con un virus que cambia rápidamente, existe un impulso comprensible de centrarse en el futuro, dijo el Dr. Fauver. Y a medida que la atención del mundo se centró en Delta y luego en Omicron, él y sus colegas discutieron si continuar con su estudio de las noticias antiguas de Mu.

“Dijimos: ‘¿Alguien se preocupa más por Mu?’”, recordó el Dr. Fauver. «Pero creemos que todavía hay espacio para estudios de alta calidad que hagan preguntas sobre variantes anteriores de preocupación y traten de recordar lo que sucedió».



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